五島列島擁有日本最多的教堂之一，目前仍保存約50座教堂，分布於福江島、久賀島、奈留島及周邊離島。它們並非只是宗教建築，更見證了一段跨越兩個半世紀、在迫害中仍堅守信仰的歷史，因此被聯合國教科文組織認定具有傑出的普世價值。
五島市的「潛伏基督教遺產」是日本近代宗教史中最具代表性的文化景觀之一，也是2018年登錄為聯合國教科文組織世界文化遺產「長崎與天草地方的潛伏基督教相關遺產的重要組成部分。
「潛伏基督徒」是指16世紀中葉，耶穌會傳教士將天主教帶入日本，五島列島因地處九州西方離島，迅速成為重要的傳教據點。然而，德川幕府於1614年正式禁止天主教，信徒遭到嚴厲迫害。許多人被迫表面改信佛教或神道，實際上仍秘密維持天主教信仰，因此被稱為「潛伏基督徒」。
由於五島列島交通不便、聚落分散，許多信徒遷居至偏遠海岸及山區，在長達約250年的禁教時代，僅以口傳方式保存祈禱文、秘密洗禮及祭祀儀式，直到1873年日本解除禁教後，多數信徒重新回歸天主教，也開始興建今日所見的教堂。
五島市擁有世界遺產的兩大核心資產：「久賀島聚落（久賀島本身及舊五輪教堂）」與「奈留島的江上聚落（江上天主堂及其周邊）」。奈留島的江上天主堂建於1918年，由著名教堂建築師鐵川與助設計，木造拱形天花板與柔和彩繪玻璃極具特色，是日本木造教堂代表作，展現潛伏基督徒在恢復宗教自由後，終於能公開建堂的歷史意義。
久賀島的舊五輪教會堂是五島現存最古老的木造教堂之一，建築融合日式木造技法與哥德式教堂元素，今日已不作彌撒使用，而作為文化遺產保存，見證禁教解除後信徒重新建立宗教生活的歷程。要參觀這兩座教堂都需事前申請。
此外，福江島還有一座不能錯過的教堂，那就是堂崎天主堂，雖然並非世界遺產，但它是五島最具代表性的紅磚教堂，也是了解潛伏基督教歷史的最佳起點。教堂建於1908年，是日本最早期紅磚教堂之一，館內設有「天主教歷史資料館」，收藏禁教時代文物、踏繪、宗教器具等珍貴史料，被譽為認識五島基督教文化的第一站。
